Da Natrium-Zirconium-Cyclosilicat vom Körper weder resorbiert noch metabolisiert wird und es keine anderen Arzneistoffe bedeutend bindet, hat es begrenzte Auswirkungen auf andere Medikationen. Es sollte jedoch mindestens zwei Stunden vor oder zwei Stunden nach der oralen Einnahme von Arzneimitteln angewendet werden, deren Bioverfügbarkeit klinisch bedeutsam vom gastrischen pH-Wert abhängt. Durch eine Resorption von Wasserstoffionen kann es unter Natrium-Zirconium-Cyclosilicat zu einer vorübergehenden Erhöhung des pH-Werts im Magen kommen.
