Zusätzliche Herausforderung für Helfer ist die Unsicherheit in vielen Regionen im Osten des Landes, in denen zahlreiche bewaffnete Gruppen aktiv sind. Die Rebellengruppe M23 kontrolliert derzeit große Teile der beiden ebenfalls von Ebola betroffenen Provinzen Nord-Kivu und Süd-Kivu, einschließlich der Provinzhauptstädte Goma und Bukavu.
Aufgrund der andauernden Konflikte gibt es im Ostkongo nach UN-Angaben bis zu vier Millionen Binnenflüchtlinge. Diese leben oft unter sehr beengten Verhältnissen in provisorischen Lagern, mit wenig Hygienevorkehrungen und mangelnder Gesundheitsversorgung. Ein Ebola-Ausbruch in einem der Flüchtlingslager wäre nach Angaben von Experten fatal.
Ebola-Fieber ist eine lebensbedrohliche Krankheit. Das Virus wird durch Körperkontakt und Kontakt mit Körperflüssigkeiten übertragen. Der aktuelle Ausbruch ist besonders schwer einzudämmen, auch weil es für den Ebola-Erreger vom Typ Bundibugyo bislang weder einen Impfstoff noch eine spezielle Therapie gibt – eine Breitband-Impfstoff ist dennoch in der Entwicklung. Außerdem hatte Ende Mai eine von der WHO benannte Expertengruppe Empfehlungen erarbeitet, welche experimentellen Impfstoffe und Medikamente im Kampf gegen Ebola derzeit eingesetzt werden können.