Probleme können bei der IHHT autreten, wenn das Hypoxieintervall zu lang ist, das Gerät auf eine sehr geringe Sauerstoffkonzentration eingestellt ist oder sich nicht von allein abschaltet. Der Einsatz von tragbaren Geräten für zu Hause ist hinsichtlich Qualität und Sicherheit deshalb kritisch zu bewerten. Sitzungen sollten nicht allein durchgeführt werden, um eine schwere Hypoxie zu vermeiden.
Ende 2025 verstarb der norwegische Biathlet Sivert Guttorm Bakken möglicherweise an einer solchen Komplikation. Der 27-jährige Profisportler starb unter ungeklärten Umständen. Er wurde mit einer Atemmaske auf dem Gesicht aufgefunden.
Vorerkrankungen, die einen Einsatz von IHHT ausschließen, sind schwere kardiovaskuläre und pulmonale Erkrankungen, Epilepsie, neurologische Störungen und akute Entzündungen oder Infekte. Auch Schwangere sollten keine IHHT-Therapie starten. Als Nebenwirkungen können zu Beginn Schwindel und Kopfschmerzen auftreten.
Einige Apotheken haben die IHHT als Gesundheitsdienstleistung in ihr Angebot aufgenommen. Die Sitzungen finden unter Aufsicht von geschultem Personal statt, eine Beratung zu Nebenwirkungen und Risiken kann direkt vor Ort erfolgen. Während der gesamten Sitzung werden wichtige Parameter wie Blutdruck, Puls, Sauerstoffsättigung und der Sauerstoffgehalt der zugeführten Luft überwacht.
Kunden, die auch im Alltag verschiedene Werte tracken, können selbstständig beobachten, ob regelmäßige Sitzungen eine Veränderung bewirken. Das ist insbesondere zwischen den Behandlungen interessant. Außerdem können diese Werte die Auswertung in der Apotheke unterstützen.